2044年的紐約大反派朗格勾結外星惡勢力試圖毀滅地球大量外星人通過神秘傳送門入侵將城市化為灰燼忍者神龜們雖負隅頑抗仍不敵敵人攻勢死傷慘重懷抱著忍者最強武器——希望忍者神龜們決定回到過去時空找到開啟傳送門的鑰匙阻止朗格恢復世界和平李奧納多的弟子凱西肩負起這一使命他在過去時空與女記者艾普利爾·奧尼爾成功接頭并和忍者神龜李奧納多、米開朗基羅、拉斐爾、多納太羅匯合開啟了拯救世界的行動“我們的未來我們自己做主”忍者神龜們向朗格發起了終極挑戰