夏日的一天紅發女孩瑪麗（杉咲花 配音）被送到阿姨夏洛特所在的鄉間小屋度假初來乍到瑪麗對周遭的一切還不那么適應特別是調皮男孩彼得（神木隆之介 配音）有意和她對著干令瑪麗實在高興不起來偶然一次的林間探險瑪麗見到了傳說中的魔法之花“夜間飛行”還找到了一柄破掃帚偏偏這把魔法掃帚載著瑪麗飛上天空來到了專門培養魔法師的恩德學園在這個神奇的所在瑪麗受到曼布勒切克女士（天海佑希 配音）的殷勤接待還邂逅了怪模怪樣的D博士（小日向文世 配音）雖然女孩懵懵懂懂成為了魔法學員可是他很快發現了這里所隱藏的秘密……　　本片根據改編自瑪麗·斯圖爾特的英國兒童文學小說改編是米林宏昌離開吉卜力工作室后制作拍攝的第一部動畫長片